2016학년도 전국 20개 과학고의 평균 경쟁률은 3.87:1로, 지난해 3.70:1보다 소폭 상승한 것으로 나타났다. 특히 경기북과학고의 경쟁률(7.96)은 타 지역 고교보다 훨씬 높았는데, 이는 경기 지역 유일의 과학고인데다 다른 지역보다 인구가 많아 지원율이 높았기 때문으로 분석된다.

 종로학원하늘교육 자료에 따르면, 2016학년도 전국 과학고 입시(정원 1626명)에 지원한 학생은 정원 외(국가유공자, 특례 등) 32명을 포함, 총 6322명이었다. 전형별로는 일반전형이 평균 4.33:1(1300 모집, 5633명 지원)로 전년도 4.08:1보다 소폭 상승했고, 지원 자격이 제한된 사회통합전형에는 326명 모집에 657명이 몰려 평균 2.02:1의 경쟁률을 보였다. 사회통합전형은 지난해(2.21:1)보다 다소 지원율이 낮아졌다.

 가장 높은 경쟁률을 보인 곳은 경기북과학고였다. 일반전형 80명, 사회통합전형 20명 등 100명 모집에 796명이 몰려 경쟁률 7.96:1을 기록했다. 일반전형의 경우 728명이 지원, 9.10:1의 경쟁률을 보였고, 사회통합전형에는 68명이 몰려 3.40:1을 기록했다. 전년 6.83:1보다 다소 상승한 것으로, 올해 가장 낮은 경쟁률을 보인 경북과학고(2.28:1)와는 세 배 넘게 차이가 난다. 지난 2010년 경기과학고가 과학영재학교로 전환하면서 경기북과학고가 경기도 유일의 과학고가 돼 지원자가 몰린 것으로 분석된다.

 인천진산과학고도 지난해 2.98:1에서 올해 4.63:1로 경쟁률이 대폭 상승했다. 일반전형 47명 등 총 80명 선발에 370명이 지원했다. 주요 과학고별로는 한성과학고가 4.01:1(지난해 5.03:1), 세종과학고 3.27:1(지난해 3.36:1), 부산과학고 2.88:1(지난해 2.90:1), 경남과학고 3.28:1(지난해 2.71대 1)의 경쟁률을 기록했다.

 경기북과학고와 인천진산과학고를 포함한 9개교의 경쟁률이 상승한 가운데 한성과학고와 세종과학고, 부산과학고 등 11개 학교는 지난해보다 경쟁률이 다소 낮아졌다. 한성과학고의 경우 지난해 5.03:1에서 올해 4.01:1로 내려갔고, 세종과학고가 지난해 3.36:1에서 올해 3.27:1로, 부산과학고가 지난해 2.90:1에서 올해 2.88:1로 낮아졌다. 그 외 인천과학고, 대전동신과학고, 울산과학고, 충남과학고, 경북과학고, 경산과학고, 창원과학고 등이 전년보다 지원율이 낮았다.